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最近的一篇新冠病毒帖子引发了这样的评论:我们只是一束"阳光"。按照这一传统,这篇帖子关注的是最近发表在《公共科学图书馆生物学》上的一篇报道,即SARS-CoV-2病毒(导致新冠病毒-19)的进化表明了一种"高效人类病原体"的发展(引用Billie Eilish的话,"Duh!"),一个国际研究小组*报告了题为"蝙蝠SARS-CoV-2进化过程中的自然选择创造了一种多面手病毒和高能力人类病原体"的研究报告。在这项研究之前,人们知道SARS-CoV-2和导致2002-2003年SARS爆发的病毒(这些作者称之为"SARS-CoV-1")为了避免混淆),SARS-CoV-2在人类中特别具有感染性,特别是在其棘突蛋白中有一个furin蛋白酶裂解位点(Arg-X-X-Arg/Arg-X-Arg/Lys-Arg),这有助于蛋白酶与人类血管紧张素转换酶2(ACE2)的结合因为furin在人类肺组织中表达。这些作者得出的有趣结论是,下载专利,促进人类感染病毒的突变适应发生在从蝙蝠跳到人类之前,这至少部分解释了这一点因为该病毒不需要长期孵育就可以实现其他人畜共患病病毒的典型物种转换,因此在大流行中具有快速传播/传染性。具体而言,作者报告:

[U]与大多数其他RNA病毒一样,Sarbecovirus[一种密切相关的蝙蝠病毒物种]在转换到新的宿主物种后获得适应性,外观专利申请前已经公开销售,以实现有效复制和传播,正如SARS-CoV-2所展示的那样-已经在蝙蝠物种之间频繁传播的病毒可以利用其ACE2结合能力的普遍特性,促进非蝙蝠物种的成功感染,包括人类。

该论文报告了这些研究人员在大流行期间的阳性选择迹象与相关蝙蝠病毒的历史选择之间的比较。他们评估了大流行前11个月收集的133741份SARS-CoV-2病毒样本和69份相关(SARBECOVIS)样本非同义(dN)突变(导致氨基酸序列差异,可能受到选择压力)与同义(dS)突变(在核酸上发生变化,但在氨基酸序列上不发生变化)频率的病毒基因组。预计会出现非同义突变(即,被检测到)在病毒群中的速度更慢,因为同义和非同义变异"随机"出现,但同义变异的选择没有依据。正如预期的那样,当将SARS-CoV-2与相关的蝙蝠Sarbecovirus RaTG13进行比较时,dN突变的发生率为dS的4%。作者进一步报告说"[t]他指出,在20687个观察到的突变中,绝大多数发生的频率非常低,买版权图片,在分析的133741个SARS-CoV-2基因组序列中,有79%的突变发生在10个或更少的序列中。"他们从这些数据得出结论,怎么查专利号的真伪,"SARS-CoV-2的进化相对缓慢,在采样期内没有出现显著的选择压力增加2019年12月至2020年10月。"

也许令人惊讶的是,在大流行早期采集的样本中检测到D614G突变,该突变被认为与较高的感染率相关(参见"SARS-CoV-2棘突蛋白中的D614G突变减少S1脱落并增加传染性"),而其他突变位点则发生在随后,表明D614G变体在未接种/未感染人群中具有更高的阳性选择能力,因为它在病毒人群中传播的时间更长。此外,这些研究人员发现,大多数其他突变只在病毒群体中短暂存在。

与其他蝙蝠病毒相比,"多样化"选择与病毒"跳跃"物种的能力相关,在蝙蝠病毒进化的最早分支中发现。这些研究人员进一步报告说,"没有证据表明导致SARS-CoV-2的终末分支中的选择与SARS-CoV-2的非人类祖先一致,成功感染人类只需要很少或没有新的适应。"(尽管他们也警告说,"没有一个模型能够检测到历史基因组适应的所有特征,并且可能使SARS-CoV-2感染人类的突变可能是在人类接触之前由宿主的基因漂移引起的")

还发现了相关蝙蝠病毒RmYN02的证据,该病毒的序列与SARS-CoV-2相比较,表明早在1976年就与SARS-CoV-2原型重组,证据表明该病毒在蝙蝠种群中"酝酿"了多长时间,并与"直接"相一致蝙蝠对人类的传播;事实上,研究人员没有发现穿山甲中存在相关病毒的证据。

更进一步(具有命运不定的特点,或者上帝有与爱因斯坦偏好相反的掷骰子倾向),与蝙蝠病毒的序列比较不符合与宿主物种(从蝙蝠到人类)变化相关的序列变化,但更符合与蝙蝠宿主(如免疫回避或组织偏好)相关的序列变化历史,"预选"这些作者写道:"[t]这些结果表明,产生SARS-CoV-2的大多数适应性变化发生在SARS-CoV-2在人群中出现之前。"

例外情况是与英国(B.1.1.7)或南非(B.1.351)突变相关的突变,数字资产交易平台骗局,这些突变似乎与"由于先前接触和/或可能免疫受损个体的慢性感染而产生的宿主免疫力",即突变更符合人畜共患病病毒如何显示与适应新宿主相关的序列变化的传统故事。